根据条例规定，我国劳动能力鉴定委员会从组织上分为二个层次，即设区的市级劳动能力鉴定委员会和省、自治区、直辖市劳动能力鉴定委员会两级鉴定。这样规定主要是考虑：
一是，给申请人提供再次鉴定的救济渠道。在劳动能力鉴定工作中有可能出现鉴定有失公允或者申请人主观认为鉴定的结论不客观公正的情况，给申请人提供再次鉴定的机会，不仅体现了劳动能力鉴定程序上的科学性，也体现了劳动能力鉴定工作的公正性。
二是，不在县级设立劳动能力鉴定委员会，主要是考虑到我国的实际情况，在大多数县一级卫生部门，特别是广大西部地区严重缺乏具有高级职称的医学专家，许多地区的医疗技术水平还很低，因此设立县一级具备医疗卫生专家库的劳动能力鉴定委员会，客观条件不具备，在实践中很难实施。
三是，设立设区的市级劳动能力鉴定委员会和省、自治区、直辖市劳动能力鉴定委员会两级鉴定，可以简化程序，便于工伤职工申请鉴定和再次鉴定，使工伤职工能及时享受工伤保险待遇。
设区的市级劳动能力鉴定委员会受理劳动能力的初次鉴定申请，劳动能力鉴定委员会在受理用人单位或者职工本人（或其直系亲属）提出的劳动能力鉴定申请后，从建立的医疗卫生专家库中随机抽取3名或者5名相关专家组成专家组，对工伤职工的劳动能力进行鉴定，作出鉴定意见。劳动能力鉴定委员会根据专家组的意见作出工伤职工劳动能力鉴定结论。申请人对鉴定结论无异议的，工伤保险经办机构根据劳动能力鉴定结论，按照标准支付工伤职工的工伤保险待遇。
省、自治区、直辖市劳动能力鉴定委员会受理的是不服设区的市级劳动能力鉴定委员会的初次鉴定结论而提出的再次鉴定申请。根据条例的规定，申请鉴定的单位或者个人对设区的市级劳动能力鉴定委员会作出的鉴定结论不服的，可以在收到该鉴定结论之日起15日内向省、自治区、直辖市劳动能力鉴定委员会提出再次鉴定申请。省、自治区、直辖市劳动能力鉴定委员会作出的劳动能力鉴定结论为最终结论。
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